Сын архитектора Фермо Меризи и его второй жены Лючии Аратори, дочери землевладельца из городка Караваджо, неподалёку от Милана. Отец служил управляющим у маркиза Франческо Сфорца да Караваджо. В 1576 году во время чумы умерли отец и дед, мать с детьми переехала в Караваджо.